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转录组入门(2):读文章并拿到测序数据
转录组入门的第二周,你学的怎么样了?
下面进入正题:阅读文献,下载数据!
本次入门系列阅读和使用的是这篇文献的数据“AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors.” Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034.很容易找到里面的RNA-seq数据GSE81916。
数据下载
1.mkdir data & cd data
2.for i in {54..62}; do wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra
注意:我们只需要mRNA-seq的测序数据,RNA-immunoprecipitation (RIP)-seq本次入门不考虑。在这里我们也用到了循环,为方便大家理解,可以试一下下面这个简单的代码:
for i in {54..62}; do echo $i ; done
大家仔细看一下数据下载的链接,就可以找到GEO/SRA数据存放的规律
好了,这周的部分就到这里,下周我们会讲fastq数据相关内容,时间充裕的话建议大家做几件事情:
1.阅读上面的文章,对自己高要求,不能简单做一个只会分析数据的技术员,我们的目标还是科学家的嘛^_^ 嘻嘻……
2.大家尝试一下理解并自己写一个for循环,比如我想得到从54到58,60到62这么几个中间缺了59的数,那么这个循坏该怎么写呢?我们的公众号终于拿到原创
和评论
,大家有了答案可以向我们扔代码,欢迎调戏哟~
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